Sinopse: Um dia, a garota de 14 anos chamada Madoka Kaname tem um sonho onde vê
uma garota lutando sozinha contra um monstro imenso em um mundo
destruído. No dia seguinte, já na escola, ela descobre que a garota de
seu sonho chamada Homura Akemi se transferiu para sua sala. Mais tarde
quando sai para fazer compras
em um shopping com suas amigas, Madoka ouve uma voz pedindo socorro, e
encontra Homura perseguindo uma pequena criatura chamada Kyubey. Madoka e
sua amiga Sayaka Miki escapam levando Kyubey consigo mas ficam presas
em uma realidade paralela onde tudo é destorcido e monstros estranhos
espreitam, mas são salvas por uma garota chamada Mami Tomoe. Kyubey
então explica a Madoka e a Sayaka que no mundo existem bruxas, criaturas
horrendas e não humanas que se alimentam de humanos (tanto literal
quanto figuramente) e influenciam pessoas a se suicidar e cometer
assassinatos dentre outras coisas. Kyubey então diz que realizará um
desejo de Madoka e Sayaka, qualquer um, independentemente do que seja,
desde que elas concordem em se tornar Puellae Magi (Garotas Mágicas em latim, cuja forma singular é Puella Magi) e cacem as bruxas. Mas, nem tudo é o que parece ser...